輔大醫學院的研究產量在近三年有快速的成長，94年度SCI和SSCI論文已達90篇，超過輔仁大學其他學院的總合，平均每位專任教師0.76篇。
輔大醫學院目前和國內大型醫院，如新光醫院、國泰醫院、耕莘醫院、彰化基督教醫院、台南奇美醫院、署立桃園醫院都有密切的合作計畫，研究主題包括：奈米保健、神經科學、幹細胞研究等。
