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次世代定序核心實驗室

《 次世代定序核心實驗室 》

儀器設備

全自動微流體電泳分析儀

型號:
Agilent 2200
TapeStation

 

定序樣品製備系統

型號:
Thermo Ion OneTouch 2 system

 

 

三槽梯度聚合酶連鎖反應器

型號:
Thermo ProFlex
PCR system

 

PGM次世代基因定序儀

型號:
Thermo Ion PGM system

 

 

 

服務項目

  • AmpliSeq_Exome
  • AmpliSeq_Cancer hotspot panels
  • AmpliSeq_custom panels
  • 16S metagenomics
  • PCR-Free whole genome DNA sequencing
  • RNA-Seq
  • Oncomine Cancer Research Panels

樣品送件要求

服務項目

DNA 需求

total amount concentration 260/280 260/230
AmpliSeq_Exome >200ng >5ng/ul _ _
AmpliSeq_Cancer hotspot panels >20ng >2ng/ul _ _
AmpliSeq_custom panels >50ng >5ng/ul _ _
16S metagenomics >10ng >2ng/ul >1.8 >1.7
PCR-Free whole genome DNA sequencing >2ug >50ng/ul >1.8 >1.7
RNA-Seq _ _ _ _
Oncomine Cancer Research Panels >40ng >3.33ng/ul _ _

 

服務項目

RNA 需求

total amount

concentration

260/280

260/230

RIN

AmpliSeq_Exome

_

_

_

_

_

AmpliSeq_Cancer hotspot panels

_

_

_

_

_

 

AmpliSeq_custom panels

_

_

_

_

_

16S metagenomics

_

_

_

_

_

PCR-Free whole genome DNA sequencing

_

_

_

_

 _

RNA-Seq

>5ug

>100ng/ul

>1.8

>1.7

>8

Oncomine Cancer Research Panels

>20ng

>1.4ng/ul

_

_

_

 

 

 收費標準

 

 

 

 

● Library Construction :

Type

校 內

(含教學醫院、建教合作單位)

校 外

DNA

8000

12000

RAN

8000

12000

Ampliseq(1 pool)

8000

12000

 

● Sequencing :

Chip

Reads

Read Length

校內
(教學醫院、建教合作單位)

校外

314Chip

400000

400

20000

25000

316Chip

2000000

400

30000

40000

318Chip

4000000

400

40000

50000

 

● Bioinformatics :
–10%
 
● Example :

Sample number: 10

DNA Library construction: 8000

Subtotal: 80000

Sequencing: 314Chip

Chip number: 1

Subtotal: 20000

Bioinformatics:  (80000+20000)x10%= 10000

Total cost: 110000

 

樣品送件須知

  • DNA: Genomic DNA、ChIP DNA、PCR amplicon
  • RNA: mRNA、small RNA
  • 請將樣品回溶於Nuclease free water
  • 送件前,樣品品質、濃度、總量的部分需要符合定序服務樣品需求
  • 收件後,實驗室會再次確認樣品品質是否符合需求,確定後會進行通知樣品是否合格,QC未過,但送件者基於實驗需求,仍欲進行製備,請簽署同意書以繼續進行實驗

實驗室地點與聯繫方式

  • 地點:輔仁大學醫學院國璽樓MD312
  • 聯絡人:陳彥甫 先生
  • 電話:(02)2905-6724  
  • 送樣時間:9:00-17:00 (週一至週五)
  • 使用者請於上班時間與技術員聯絡詢問儀器使用狀況。